Organami Fundacji Rozwoju Politechniki Rzeszowskiej są Rada Fundacji oraz Zarząd Fundacji.
W skład Rady Fundacji wchodzą Założyciele Fundacji (lub ich następcy prawni), a także firmy i osoby fizyczne dokooptowane w kolejnych latach działalności Fundacji. Rada Fundacji jest najwyższym uchwałodawczym organem Fundacji, a także organem nadzorującym działalność Zarządu Fundacji.
Zarząd Fundacji składa się z trzech osób: prezesa oraz dwóch członków zarządu, wyłonionych spośród członków Rady Fundacji. Zarząd Fundacji jest organem wykonawczym, kieruje bieżącą działalnością Fundacji, reprezentuje Fundację na zewnątrz.
Koordynacją działań Fundacji zajmuje się Pełnomocnik Fundacji powołany przez Zarząd Fundacji.